更新後にユーザーのファイルが削除されることがあるとして、アップデートの配信が一時停止されているWindows 10 October 2018 Update（バージョン1809）ですが、その原因が判明したとMicrosoftが報告しています。
グループポリシーの不具合ではないかとも言われていましたが、どうやら関係はなかったようです。
削除の原因となったのは、Known Folder Redirection（KFR）という機能。KFRはドキュメントやピクチャ、デスクトップなどのフォルダーをデフォルトの場所（c:\users\username\
というのも、4月のWindows Update（1803）の際、KFRでフォルダを移動したものの、元の場所に空のフォルダが残ってしまっているとのフィードバックがあり、今回のアップデートではそれを削除するコードを導入。この影響で、実際には移動が完了していなくても、移動済みの用済みフォルダとして削除されてしまったとのことです。
ようするに、純粋なバグです。
空でない場合には、削除しなければいいだけではとも思うのですが、そういう単純な話ではないのでしょうか？ とりあえず、問題を修正したアップデートを作成し、Insider向けに提供を再開するとのことです。
また、アップデートの影響でファイルが削除されてしまった場合、そのデータの回復をMicrosoftがサポートするとのこと。単純にデータ復旧サービスを使うだけな気がしますが、もし削除されてしまったという人がいれば、問い合わせしてみるといいかもしれません。
(source Microsoft)
